مژگان شجریان یک خرداد ۱۳۴۸ در تهران متولد شد . مژگان شجریان لیسانس موسیقی و نقاشی دارد و کارشناسی ارشدش را هم در رشتهی گرافیک گرفته است. پدرش استاد محمدرضا شجریان خواننده ایرانی و مادرش فرخنده گل افشان می باشد. مژگان شجریان دو خواهر بزرگتر بنام راحله و افسانه و یک برادر کوچکتر بنام همایون شجریان دارد و از ازدواج دوم پدرش یک برادر ناتنی بنام رایان دارد.
دیروز استاد محمدرضا شجریان در جوار "فردوسی" در شهر توس به خاک سپرده شد. هنگام تشییع خسرو آواز ایران مژگان شجریان دختر او بر مزار پدر با اشک و آه برای از دست دادن پدر آواز سر داد.